Desde su creación en 1949 el Programa de Salud Pública Veterinaria de la OPS ha contribuido al establecimiento de la infraestructura de los Servicios Veterinarios y de Salud Pública de los países de América Latina y el Caribe. Los médicos veterinarios, en conjunto a profesionales de la salud y de las ciencias biológicas y económicas, han participado activamente para el desarrollo del trabajo, teniendo como marco las actividades de cooperación técnica en salud pública de la OPS, el cual ha dado resultados y logros de impacto en la producción animal y la salud pública de los países de las Américas.
En 1997, de acuerdo a las recomendaciones del Grupo Asesor Externo de la OPS, nuevas funciones relacionadas con zoonosis fueron incluydas en el mandato de PANAFTOSA. Así, en 1998, las actividades de referencia, investigación y cooperación técnica sobre la zoonosis se transfirieron del Instituto Pan-Americano de Protección de Alimentos y Zoonosis (INPPAZ) al PANAFTOSA, incluyendo más tarde una gran variedad de actividades para proporcionar contribuciones especiales en el desarrollo de la salud humana.

En virtud de la convergencia que se observa entre la salud humana y la salud animal, hay cada vez más necesidad de que PANAFTOSA-OPS desempeñe un papel liderazgo en la esfera de las zoonosis.