Evento de recombinación en SARS-CoV-2 entre las variantes de preocupación (VOC) Delta y Ómicron (17 de marzo de 2022) 

En febrero 08 de 2022 fue reportado en Europa un evento de recombinación entre las variantes de preocupación (VOC) Delta y Ómicron. El evento fue descrito por primera vez en Francia, aun no es claro dónde ocurrió la emergencia del recombinante. La secuencia del virus muestra principalmente genes de Delta (sublinaje AY.4) con la mayor parte del gen de la proteína de la espícula (Spike) correspondiente a Ómicron (sublinaje BA.1).

Recombinantes similares fueron documentados en conglomerados notificados por Dinamarca y Los Países Bajos, así como en casos aislados en Bélgica y Alemania. Aún no está claro si estos virus provienen de un ancestro común o si corresponden a diferentes eventos de recombinación.

Hasta el momento, se han confirmado alrededor de 50 secuencias entre enero y marzo de 2022, en las cuales se han podido demostrar los puntos de corte y empalme que definen el evento de recombinación.
La recombinación genética es un fenómeno natural ya descrito en diferentes virus como mecanismo de mutación para intercambiar material genómico (el cual es diferente al mecanismo de reordenamiento observado en genomas segmentados como el de Influenza).

Un evento de recombinación puede ocurrir cuando dos (2) virus de la misma especie, pero genéticamente diferentes, infectan simultáneamente la misma célula en el mismo individuo. Por lo tanto, el evento de recombinación actual probablemente ocurrió a finales de 2021 (mediados de noviembre a diciembre) cuando la incidencia tanto de Delta como de Ómicron era alta era alta en algunos países de Europa occidental, aumentando las posibilidades de una coinfección.

Si bien un evento de recombinación puede ocurrir en cualquier célula infectada, se requieren señales especificas (puntos de corte/empalme) dentro del genoma para que ocurra el proceso de recombinación; asimismo, un evento de recombinación puede llevar a generar partículas virales no viables o partículas infecciosas que pueden ser transmitidas de un individuo a otro.